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罗兰．约菲导演的史诗式宗教冒险片，两位男主角形象虽有点典型化，内容也有点庞杂，但映象十分壮观，某些场面的摄影美得让人窒息，杰瑞米．艾恩斯与罗伯特．德尼洛的对手戏也精彩可观。剧情描述十八世纪时，西班牙教士嘉比尔奉派到南美洲丛林为瓜拉尼族人建立教会。他碰到了奴隶贩子罗多萨，带着这个因为杀了弟弟而深感内疚的汉子一起前往目的地修行赎罪。当他们的传教任务稍具规模时，葡萄牙与西班牙政府却因为殖民地冲突而在当地发生战争屠杀，结局十分悲怆。
1750 年代，耶稣会牧师加布里埃尔神父进入巴拉圭东部丛林，使瓜拉尼人皈依基督教。他派了一名牧师与他们联系，但他们将牧师绑在十字架上并把他送死在伊瓜苏瀑布上。加布里埃尔神父前往瀑布并演奏他的双簧管。一名瓜拉尼人打破了双簧管。加布里埃尔神父没有做出反应，剩下的瓜拉尼人被音乐迷住了，把他带到了他们的村庄。
罗德里戈·门多萨绑架当地人并将他们卖给种植园，其中包括西班牙总督唐·卡贝萨的种植园。他的未婚妻卡洛塔承认她爱上了他同父异母的兄弟费利佩。门多萨发现他们躺在床上，并在决斗中杀死了费利佩。他陷入了抑郁。加布里埃尔神父要求门多萨进行忏悔。门多萨拖着一个装有他的盔甲和剑的包裹陪伴耶稣会士返回。当地人认出了迫害者，但很快就原谅了泪流满面的门多萨，并砍掉了他沉重的包袱。加布里埃尔神父的使命被描述为瓜拉尼人的避难所和教育场所。门多萨被瓜拉尼人的接受所感动，希望提供帮助，加布里埃尔神父给了他一本圣经。随着时间的推移，门多萨发誓成为一名耶稣会士。
在西班牙法律的保护下，耶稣会传教活动是安全的。《马德里条约》重新分配了使团所在的土地，将其转让给允许奴隶制的葡萄牙人。葡萄牙人试图奴役当地人，由于耶稣会传教团可能会阻碍这一目标，教皇特使、耶稣会士红衣主教阿尔塔米拉诺被派去调查传教团，并决定哪些传教团（如果有的话）应该被允许留下来。
在卡贝萨和葡萄牙代表洪塔尔的压力下，阿尔塔米拉诺被迫在两害之间做出选择。如果他的统治有利于殖民者，土著人民就会成为奴隶；如果他的统治有利于殖民者，土著人民就会成为奴隶；如果支持传教，耶稣会可能会受到葡萄牙人的谴责，天主教会可能会分裂。阿尔塔米拉诺参观了传教所，并对他们在改变原住民信仰方面所取得的成功感到惊讶。在加布里埃尔神父的传教活动中，他试图解释关闭传教活动的原因，并指示瓜拉尼人必须离开，因为“这是上帝的旨意”。瓜拉尼人对此提出质疑，并认为上帝的旨意是发展这项使命。加布里埃尔神父和门多萨神父受到逐出教会的威胁，表明如果种植园主和殖民者发动攻击，他们打算与瓜拉尼人一起保卫使命。然而，他们对于如何做到这一点存在分歧。加布里埃尔神父认为暴力是对上帝的直接犯罪。门多萨决定通过军事捍卫使命来打破他的誓言。他违背加布里埃尔神父的意愿，向瓜拉尼人传授欧洲战争艺术，并拿起了剑。
当葡萄牙和西班牙联合部队进攻时，门多萨和瓜拉尼人负责保卫任务。他们不是军事力量的对手。士兵们摧毁了一个陷阱，让他们进入村庄后，门多萨受了致命伤。士兵们遇到了加布里埃尔神父，他带领着瓜拉尼妇女和儿童在宗教游行中唱歌。加布里埃尔神父手持圣体圣体。西班牙指挥官无视这一点，命令继续进攻。加布里埃尔神父、其余牧师和大部分瓜拉尼人被枪杀。加布里埃尔神父被枪杀后，一名瓜拉尼男子拿起圣体并继续带领游行队伍。几个孩子逃进丛林。
在阿尔塔米拉诺和洪塔尔的最后一次交流中，洪塔尔感叹道，所发生的事情是不幸的，但却是不可避免的：“我们必须在这个世界上工作；世界就是这样。” 阿尔塔米拉诺回答道：“不，我们就是这样创造了这个世界。我就是这样创造了它。” 几天后，一艘载着小孩的独木舟返回传教团大屠杀现场，他们抢救了一些物品。他们沿河而上，深入丛林，以为这些事件将永远留在他们的记忆中。最后的标题表明，许多牧师至今仍在继续为原住民的权利而奋斗。约翰福音 1 章 5节的经文显示：“光照在黑暗里，黑暗却不接受光。”
